Tiền thân của đơn vị là Xí nghiệp Cơ khí Đồng Tiến [3] thành lập vào ngày 10 tháng 10 năm 1976 theo Quyết định của Tư lệnh Quân khu 5.

Ngày 5 tháng 6 năm 2013, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Quốc phòng đã ký quyết định số 4851/QĐ-BQP về việc chuyển Công ty TNHH MTV Sông Thu thành Tổng Công ty Sông Thu.

Đây là đơn vị có những bước phát triển mạnh mẽ, đảm bảo mức tăng trưởng cao (trên 20%/năm) và với năng lực của mình, đơn vị đã đóng mới thành công nhiều tàu tuần tra biển, tàu kéo biển đa năng, tàu chuyên dụng, tàu thế hệ mới công suất lớn có chất lượng cao và công nghệ hiện đại như: tàu đa năng ứng phó sự cố tràn dầu hiện đại nhất Đông Nam Á, tàu khảo sát đo đạc biển HSV 6613 cho Quân chủng Hải quân, tàu cảnh sát biển đa năng lớp DN 2000 cho Bộ tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam [4]...